Yaksha: Operação Implacável conta a história do promotor Han, que no passado, precisou liberar um grande empresário da Coreia do Sul de uma acusação, para permanecer dentro dos limites legais, e por isso teve seu cargo rebaixado. Mas, de repente, ele recebe uma missão, que pode restabelecer sua reputação manchada. O trabalho o leva a Shenyang, uma cidade na China famosa por espionagem. E também o leva a conhecer um homem impiedoso conhecido como Yaksha - um espião notório e o chefe insensível da equipe de espionagem no exterior, também conhecido como "Yaksha devorador de homens", que realiza seus objetivos por bem ou por mal. Mas, após seu desembarque em Shenyang, ele fica preso em uma guerra entre espiões. Han fica sabendo que Yaksha e sua equipe estão tentando encontrar um homem chamado Moon Byung-uk, que possui algumas informações cruciais para Yaksha - assim como para os japoneses e os norte-coreanos, que também estão na cola do mesmo homem, colocando essa missão em disputa.
