O Mistério de Silver Lake acompanha um um jovem meio perdido na vida chamado Sam (Andrew Garfield) que um dia encontra a garota perfeita: sua vizinha, com quem passa uma noite. No dia seguinte, ela desaparece. Não existem mais sinais da garota, e todas as suas coisas desapareceram do apartamento onde habitava. Sam começa a investigar o caso, buscando todos os indícios possíveis: os pequenos rabiscos na parede, as mensagens escondidas em músicas. Seria tudo isso parte de uma grande conspiração, ou Sam está ficando louco?
