O Charlatão conta a história de Jan Mikolasek (Ivan Trojan), um herborista que dedicou a vida aos cuidados de pessoas doentes, apesar dos imensos obstáculos que enfrentou nas esferas pública e privada. Nascido na virada do século 20, Mikolasek ganha fama e fortuna usando métodos de tratamento pouco ortodoxos para curar uma ampla gama de doenças. Renomado na Tchecoslováquia antes da Segunda Guerra Mundial, o curandeiro aumenta a reputação e a riqueza durante a ocupação nazista e sob o regime comunista. Todos esses regimes, um após o outro, se beneficiam das habilidades de Mikolasek e dão proteção a ele em troca. Mas quão altos devem ser os custos para manter esse status quando as coisas mudarem?
