Em Homunculus, Susumu Nokoshi (Gô Ayano), é um morador de rua que está em busca de dinheiro. Em um dia comum, ele acaba conhecendo Manabu Ito (Ryô Narita), um estudante de Medicina, que procura voluntários para se submeter a um procedimento cirúrgico conhecido como trepanação. De início, Susumu recusa a proposta, entretanto, acaba mudando de ideia após ver que receberia uma fortuna pela cirurgia. Depois da operação, o sem-teto acaba adquirindo poderes, onde o seu sexto sentido é despertado.
