Godzilla Contra a Ilha Sagrada mostra os jornalistas Ichiro Sakai (Akira Takarada) e Junko Nakanishi (Yuriko Hoshi) cobrem as notícias de destroços causados por um tufão quando um ovo enorme é encontrado pelos moradores locais. Os jornalistas resolvem se juntar ao professor Miura (Hiroshi Koizumi) para irem atrás do ovo e descobrem que o mesmo foi vendido ao Sr. Kumayama (Yu Fujiki). O trio, então, resolve pedir ajuda as fadas de Mothra para que o ovo volte a Ilha de Infant, mas seus pedidos são negados e Godzilla emerge dos destroços e agora Sakai, Junko e Miura precisam salvar o Japão de Godzilla.
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