Do Fundo do Mar 3 mostra a história da Doutora Emma Collins (Tania Raymonde). Ela e sua equipe estão passando o terceiro verão na ilha de Little Happy estudando o efeito da mudança climática sobre os grandes tubarões brancos que visitam um viveiro próximo, todos os anos, para dar à luz. Junto com os dois últimos habitantes desta antiga vila de pescadores, sua vida pacífica é interrompida quando uma equipe "científica" liderada por seu ex-namorado e biólogo marinho Richard (Nathaniel Buzolic) aparece em busca de três tubarões-touro.
