O súbito desaparecimento da agente Monica Bannan (Xantha Radley) faz com que a agente Dakota Whitney (Amanda Peet) recorra à ajuda do padre Joe (Billy Connolly), um homem que abusou sexualmente de 37 coroinhas no passado e que alega ter visões. Para ajudá-la na busca, já que não conta com experiência em acontecimentos fora do comum, a agente Whitney busca o apoio de Fox Mulder (David Duchovny), que não é mais agente do FBI. O contato é feito através de Dana Scully (Gillian Anderson), que também deixou a organização e agora trabalha como médica em um hospital católico. Inicialmente relutante, Mulder decide cooperar e, aos poucos, passa a acreditar cada vez mais nas palavras do padre Joe.
